Silencioso, apático, pero travieso, Rokujou Miharu, de 14 años, es el portador del hijutsu, "Shinrabanshou", una poderosa técnica que muchos clanes ninja desean poseer para convertirse en el gobernante de Nabari. Su compañero de clase Kouichi y su profesor de inglés Kumohira son en secreto ninjas del clan Banten, y se comprometen a proteger a Miharu de sus muchos atacantes. Manteniéndose apático, Miharu intenta rechazar su invitación para unirse a su "club" ninja. Sin embargo, después de numerosos ataques, no encuentra más remedio que unirse a su grupo como un medio para su supervivencia. Lentamente, Miharu da un paso más cerca de convertirse en el gobernante de Nabari.